建制前，宝安县辖2镇16公社，是为深圳镇、沙头角镇及大鹏、葵涌、坪山、龙岗、坪地、横岗、盐田、布吉、平湖、龙华、观澜、福田、南头、石岩、蛇口、西乡、福永、沙井、松岗、公明、附城等公社，并管辖光明华侨畜牧场。
早期方案；宝安县的撤销与恢复
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1979年3月，深圳市决定成立罗湖[註 1]、龙岗、葵涌、龙华、南头、松岗等6区，各区由中共区委代行行政职能。
罗湖区：辖深圳镇、沙头角镇和附城、福田、盐田等3公社。
龙岗区：辖龙岗、坪地、横岗、平湖等4公社。
葵涌区：辖大鹏、葵冲、坪山等3公社。
龙华区：辖龙华、石岩、观澜、布吉等4公社。
南头区：辖南头、蛇口、西乡等3公社。
松岗区：辖松岗、福永、沙井、公明等4公社。
1980年6月7日，中共深圳市委决定析罗湖区设立沙头角区，仍只有中共组织（中共深圳市沙头角管理区委员会），无政权组织。是年7月，正式分区。至此，深圳市辖罗湖、沙头角、龙岗、葵涌、龙华、南头、松岗等七区。
1981年7月，中共中央、国务院决议[12]：“……恢复宝安县建制，辖原深圳市属的农村，归深圳特区领导”。10月，中共广东省委决定[13]“……，同时决定恢复宝安县”。11月，撤销中共松岗、龙华、龙岗、葵冲四个区委。12月1日，宝安县人民政府在原县政府大院挂牌。1982年4月，深圳市人民政府决定，将宝安县城移至西乡镇龙井山附近。
1981年8月，中共深圳市委决定[14]“罗湖区、南头区、沙头角区三个区合并，……成立罗湖区党委及政府……。罗湖区党委及政府为一级党委和一级政权机构……”。翌年1月，正式成立罗湖区，撤销沙头角区、南头区，并入罗湖区（行政区）。
至此，深圳市辖罗湖区、宝安县。
1982年8月10日，升罗湖区沙头角镇为县级镇，区划上仍隶属罗湖区。
1982年12月，国务院（追认）批复[15]同意恢复宝安县，管辖原属深圳市的大鹏、葵冲、坪山、龙岗、坪地、横岗、 平湖、布吉、观兰、龙华、石岩、西乡、沙井福永、松岗、公明等十六个公社和光明华侨畜牧场。县人民政府驻西乡。宝安县由深圳市领导。恢复宝安县后， 深圳市管辖市区内的人民路、和平路两个街道办事处， 以及沙头角镇和福田、附城、南头、蛇口、盐田等五个公社。1983年1月4日，广东省人民政府发出《关于恢复宝安县的通知》（粤府函 1983 1号）。
组建区办事处、管理区
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1983年6月，经广东省人民政府批准，深圳市人民政府决定[16]在经济特区范围内设置罗湖、上埗、南头、沙头角四个区办事处，为深圳市人民政府派出的相当县级的办事机构：
罗湖区办事处：管辖伯公坳以西至红岭路以东区域，包括罗湖新城区和人民路、和平路两个街道办事处，以及附城办事处、深圳水库。罗湖区办事处驻湖贝。
上埗区办事处：管辖红岭路以西至车公庙以东区域，包括上埗、福田两个办事处和农艺园研究中心所属范围。上埗区办事处驻福田。
南头区办事处：管辖车公庙以西至蛇口工业区所属范围，包括蛇口、南头两个办事处，沙河企业公司，蛇口招商局和西丽湖等区域。南头区办事处驻南头。
沙头角区办事处：管辖伯公坳以东区域，管辖盐田办事处、沙头角镇和大、小梅沙。沙头角区办事处驻三家店。
是年9月15日，罗湖、上埗、南头、沙头角四个区办事处挂牌办公。至此，深圳市辖罗湖区、上埗区、南头区、沙头角区和宝安县。
1983年7月1日，宝安县迁址新县城西乡。
1984年7月，中共广东省委、省政府同意[17]析南头区设立蛇口区，组建蛇口区管理局，蛇口区管理局行使一级政权组织的职能。蛇口区的范围“扩大到以大小南山分水岭至正龙围、后海连线以南地区为蛇口管辖区”。至此，深圳市辖罗湖区、上埗区、南头区、沙头角区、蛇口区和宝安县。
1985年3月，深圳市人民政府批准[18]罗湖、上埗、南头、沙头角等区办事处更名为深圳市人民政府某某管理区，是月10日启用印信。此前，中共深圳市委已于1984年5月8日下达《印发深圳市区一级机构改革方案的通知》（1984-05-08），并于1984年12月26日完成组织任命，各区行政首长改称区长。
正式设区：福田、罗湖、南山
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1990年1月，经国务院批准，民政部批复[19]，同意深圳市设立福田区、罗湖区和南山区（均为县级〕：
福田区：行政区域东起红岭路，西至车公庙，南临深圳河，北到笔架山；管辖园岭、南园、福田、沙头、梅林、华富和香蜜湖街道办事处；区人民政府驻深南中路。
罗湖区：行政区域东起大鹏湾背仔角，西至红岭路以东；管辖盐田、梅沙、田心、笋岗、翠竹、桂园、黄贝、蛟湖、南湖街道办事处和沙头角镇；区人民政府驻湖贝。
南山区：行政区域东起车公庙，西至南头安乐村、赤尾村，北背羊台山，南临蛇口港、大铲岛和伶仃岛；管辖沙河、西丽、大新、南山、蛇口街道办事处和蛇口招商局工业区；区人民政府驻南头。
同年1月20日，广东省人民政府转发通知[20]；9月21日罗湖区政府成立，9月24日南山区政府成立，10月7日福田区政府成立。
至此，深圳市辖罗湖区、南山区、福田区和宝安县。
宝安析龙岗、罗湖再设盐田
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1992年8月，国务院批复[21]同意“撤销宝安县建制，将其划为深圳市的两个区，具体手续由民政部按规定办理”。11月，民政部批复[22]同意撤销宝安县，设立深圳市宝安区、龙岗区：
宝安区辖新安、福水、沙井、松岗、公明、石岩、龙华、观澜八个镇和光明华侨畜牧场，区人民政府驻新安镇。
龙岗区辖布吉、平湖、横岗、龙岗、坪地、坪山、坑梓、大鹏、南澳、葵涌十个镇，区人民政府驻龙岗镇。
同年12月8日，广东省民政厅转发批复[23]。同日，中共深圳市委、深圳市人民政府发出通知[24]：“两个新建区定于一九九三年一月一日正式宣告成立，挂牌办公”。至此，深圳市辖罗湖区、南山区、福田区、宝安区、龙岗区。
1997年10月，国务院批复[25]调整深圳市罗湖区行政区划，设立盐田区：
增设深圳市盐田区：盐田区辖从罗湖区划入的沙头角镇和盐田、梅沙2个街道，区人民政府驻盐田街道黄必围。
调整后的罗湖区辖南湖、黄贝、翠竹、蛟湖、笋岗、桂园6个街道，区人民政府驻地不变。
同年11月7日，广东省人民政府转发批复[26]。1998年2月16日，盐田区委、区政府成立，挂牌揭幕典礼于3月30日举行。至此，深圳市辖罗湖区、南山区、福田区、宝安区、龙岗区、盐田区。
二线关淡化、关外析设新区；建立深汕合作区
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2007年5月31日，中共深圳市委、市政府[27]宣布（宝安区干部大会）：宣布成立光明新区，管理宝安区光明、公明两个街道。8月19日，光明新区揭牌。至此，深圳市辖罗湖区、南山区、福田区、宝安区、龙岗区、盐田区和光明新区。
2009年6月29日，中共深圳市委常务会议审议决定[28]设立坪山新区：原“深圳市大工业区（广东深圳出口加工区）管理委员会”更名为“深圳市坪山新区管理委员会(简称‘新区管委会’)”，加挂“广东深圳出口加工区管理委员会”牌子，相应成立中共深圳市坪山新区工作委员会（简称“新区党工委”）、中共深圳市坪山新区纪律检查工作委员会（简称“新区纪工委”）。新区党工委为市委的派出机构，与管委会合署办公。新区管委会为市政府派出机构，管理坪山、坑梓两个街道办事处。30日，坪山新区揭牌。至此，深圳市辖罗湖区、南山区、福田区、宝安区、龙岗区、盐田区和光明新区、坪山新区。
2010年2月，深圳市设立前海深港现代服务业合作区管理局（简称前海管理局），为深圳市人民政府派出机构。是年8月，国务院批复《前海深港现代服务业合作区总体发展规划》。前海深港现代服务业合作区范围为月亮湾大道、双界河、妈湾大道、海滨岸线所围成的区域（1492公顷）。
2011年2月18日，深汕特别合作区建立。5月21日，合作区党工委、管委会授牌成立。
2011年12月30日，深圳市人民政府五届四十六次常务会议通过《深圳市龙华新区和大鹏新区管理暂行规定》：“市政府设立龙华新区、大鹏新区[29]（以下统称新区）。龙华新区的范围为现宝安区龙华、大浪、民治和观澜街道行政区域。大鹏新区的范围为现龙岗区葵涌、大鹏和南澳街道行政区域”。“市政府分别设立龙华新区管理委员会、大鹏新区管理委员会，新区管委会是市政府的派出机构，行使市政府决定由区级政府行使的职责”。同日，深圳市龙华新区管理委员会、大鹏新区管理委员会揭牌。至此，深圳市辖罗湖区、南山区、福田区、宝安区、龙岗区、盐田区和光明新区、坪山新区、龙华新区、大鹏新区。
新区转正
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2016年9月，国务院批复[30]同意广东省设立深圳市龙华区和坪山区：
一、同意设立深圳市龙华区，将深圳市宝安区的龙华街道、大浪街道、民治街道、观湖街道、福城街道、观澜街道划归龙华区管辖，以龙华街道、大浪街道、民治街道、观湖街道、福城街道、观澜街道的行政区域为龙华区的行政区域，龙华区人民政府驻观湖街道广场沿河路1号。
二、同意设立深圳市坪山区，将深圳市龙岗区的坪山街道、坑梓街道划归坪山区管辖，以坪山街道、坑梓街道的行政区域为坪山区的行政区域，坪山区人民政府驻坪山街道深汕公路333号。[註 2]
2017年1月7日，龙华区人民政府、坪山区人民政府揭牌。
至此，深圳市辖罗湖区、南山区、福田区、宝安区、龙岗区、盐田区、龙华区、坪山区和光明新区、大鹏新区。
2017年9月，广东省批复[32]将深汕特别合作区管委会由广东省人民政府派出机构调整为深圳市人民政府派出机构。深汕特别合作区辖鹅埠镇、小漠镇、鲘门镇、赤石镇（含园墩林场）。
至此，深圳市辖罗湖区、南山区、福田区、宝安区、龙岗区、盐田区、龙华区、坪山区和光明新区、大鹏新区、深汕特别合作区。
2018年2月，国务院批复[33]同意广东省设立深圳市光明区，将深圳市宝安区的光明街道、公明街道、新湖街道、凤凰街道、玉塘街道、马田街道划归光明区管辖，以光明街道、公明街道、新湖街道、凤凰街道、玉塘街道、马田街道的行政区域为光明区的行政区域，光明区人民政府驻光明街道广场路1号。是年5月24日，广东省人民政府转发通知[34]。9月19日，光明区人民政府揭牌。
至此，深圳市辖9区1新区1特别合作区，是为罗湖区、福田区、南山区、盐田区、宝安区、龙华区、龙岗区、坪山区、光明区及大鹏新区、深汕特别合作区。
现况
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罗湖区
福田区
南山区
宝安区
龙岗区
盐田区
坪山区
龙华区
光明区
大鹏新区
（属龙岗区）
各区名称
建制日期
各区地名释义[35]
羅湖區
1979年10月
起源历史上的罗湖村，依据古越语推论，“罗湖”也是一座山名，不过山势低矮，经济特区开发时已被夷为平地。
福田區
1986年
南宋时当地一大户因开垦造田收成好，将自家田地取名“幅田”，因“幅”与“福”谐音，“幅田”易名为“福田”，即“得福于田”。
南山區
1990年1月4日
因其境内的大、小南山得名，东晋时期的南头曾是区域性的政治、经济、文化中心。
鹽田區
1998年3月30日
源于当地的经济活动，因古代大鹏人多在海边开辟盐田，靠煮盐为生，盐田逐渐成为地名。
龍崗區
1992年11月11日
得名于古代传说，谓此处有龙和仙女，因龙“怜香惜玉”，为陪伴和保护仙女而变成山岗，“龙岗”一名形成。
龙华区
2011年12月31日建立新区2016年10月11日升格为市辖区
源于龙华墟，因早期移民建龙胜堂并于此建墟，取日渐繁华之意。
坪山区
2009年6月30日建立新区2016年10月11日升格为市辖区
源于坪山墟，其因地处河流冲积川地又有山在其间而得名。
大鹏新区
2011年12月31日
因其为明洪武二十六年（1394年）所设的大鹏守御千户所之所在而得名。
寶安区
1992年11月11日
宝安意即“得宝而安”，明代识记曾记载“得其宝者安，凡以康民也”。
光明區
2007年5月31日建立新区2018年5月25日升格为市辖区
沿袭自光明华侨农场，取前途光明之意。
深汕合作区
2011年2月18日（初始合约至2040年）
由深圳和汕尾共同设立，全称为“深圳市深汕特别合作区”，简称“深汕合作区”。[36]